A história se passa na cidade "ideal" e perfeita conhecida como "N º 6". Shion, um garoto criado no ambiente de elite e privilegiada de sua casa, dá abrigo a outro menino, que só dá o seu nome como "Nezumi" (Mouse Significado ou Rat) em 12 º aniversário do primeiro. Depois de passar uma noite chuvosa com seu novo amigo, Shion descobre na manhã seguinte que Nezumi desapareceu sem deixar vestígios. Quatro anos mais tarde, Shion experimenta uma série de incidentes ao redor dele no qual uma infecção mortal por parasitas abelhas faz com suas vítimas a envelhecer rapidamente e começar a se decompor em um ritmo alarmante. Shion de colega de trabalho é uma das vítimas e Shion é preso por suspeita de homicídio. Enquanto Shion está sendo transportado para o Instituto Correcional, Nezumi aparece e resgata-lo. Shion começa a descobrir a verdade escondida por trás da Cidade Ideal No.6No.6
